En cuanto a su estructura, la Conferencia tiene en su Asamblea Plenaria a su órgano superior de gobierno. La Asamblea se integra por el Procurador General de la República en calidad de Presidente, los Procuradores y Fiscales Generales de las entidades federativas, y como invitados permanentes, participan el Fiscal General de Justicia Militar y el Secretario Ejecutivo del Sistema Nacional de Seguridad Pública.
La Asamblea sesiona semestralmente atendiendo una agenda de temas que son objeto de análisis y debate abierto.
En su caso, también se someten y aprueban acuerdos, mediante voto directo, personal y uninominal de los procuradores, por mayoría de votos.
En consecuencia, los acuerdos alcanzados son de cumplimiento obligatorio para los integrantes de la Conferencia.
Para fortalecer el análisis y el trabajo conjunto de las procuradurías y fiscalías del país, la Conferencia Nacional ha dispuesto su organización por zonas geográficas: