En cuanto a su estructura, la Conferencia tiene en su Asamblea Plenaria a su órgano superior de gobierno. La Asamblea se integra por el Procurador General de la República en calidad de Presidente, los Procuradores de Justicia de las entidades federativas, y como invitados permanentes, participan el Procurador General de Justicia Militar y el Secretario Ejecutivo del Sistema Nacional de
Seguridad Pública.
La Asamblea sesiona semestralmente atendiendo una agenda de temas que son objeto de análisis y debate abierto. En su caso, también se someten y aprueban acuerdos, mediante voto directo, personal y uninominal de los procuradores, y por mayoría de votos. En consecuencia, los acuerdos alcanzados son de cumplimiento obligatorio para los integrantes de la Conferencia.
Para fortalecer el análisis y el trabajo conjunto de las procuradurías, la Conferencia Nacional ha dispuesto la organización de las procuradurías por zonas geográficas:

Zona Noroeste, conformada por Baja California, Baja California Sur, Chihuahua, Sinaloa* y Sonora.
Zona Noreste, que abarca a Coahuila*, Durango, Nuevo León, San Luis Potosí, Tamaulipas y Zacatecas.
Zona Centro, constituida por el Distrito Federal*, Estado de México, Hidalgo, Morelos, Puebla y Tlaxcala.
Zona Occidente, integrada por Aguascalientes, Colima, Guanajuato*, Jalisco, Michoacán, Nayarit y Querétaro.
Zona Sureste, conformada por Campeche, Chiapas, Guerrero, Oaxaca, Quintana Roo, Tabasco*, Veracruz y Yucatán.
*Representante de Zona
En las Reuniones de Zona el análisis de la problemática delincuencial y de la procuración de justicia se realiza desde un enfoque regional, lo que favorece la elaboración de diagnósticos y propuestas de solución de interés común para las procuradurías que conforman las regiones, enriqueciendo así la coordinación y la colaboración interprocuradurías.
Para el óptimo cumplimiento de los objetivos de la Conferencia Nacional de Procuración de Justicia, y de conformidad con los ejes rectores del Plan Nacional de Desarrollo y el Programa Sectorial de Procuración de Justicia, se ha dispuesto también la creación de Comités Técnicos, encargados de realizar trabajos de investigación y preparación de opiniones, estudios o proyectos en las temáticas de interés para la Procuración de Justicia, los cuales tienen la siguiente denominación:
EFICIENCIA EN LA INSTITUCIÓN DEL MINISTERIO PÚBLICO
-Campeche *Coahuila -Distrito Federal -Estado de México - Jalisco -Oaxaca -PGR -Querétaro -Sinaloa -Yucatán
OBJETIVO: La modernización del Sistema de Justicia Penal encaminado a lograr un marco normativo en el que se garantice la procuración de justicia pronta y eficaz.
FUNCIONES:
-Elevar la eficiencia en la investigación de los delitos.
-Consolidar los procesos de selección, evaluación, capacitación, profesionalización, actualización y especialización de los servidores públicos responsables de la procuración de justicia conforme al Programa Rector de Profesionalización.
-Fijar criterios uniformes para la regulación de la selección, ingreso, formación, permanencia, capacitación, profesionalización, evaluación, reconocimiento, certificación y registro de agentes del Ministerio Público y peritos, de conformidad con lo dispuesto en estos estatutos y demás disposiciones legales aplicables.
-Promover la homologación de los procedimientos de control de confianza de los Integrantes de las Instituciones de Procuración de Justicia a nivel nacional, de conformidad con las disposiciones aplicables.
-Explotar la información delictiva, impulsando sistemas de información criminal para instrumentar estrategias integrales de combate a la delincuencia.
-Proponer acciones para el desarrollo de medios alternativos de resolución de conflictos.
-Asegurar el desarrollo de la investigación bajo los principios de legalidad, profesionalismo, eficiencia y certeza.
-Impulsar la capacitación y actualización del personal sustantivo.
FOMENTO A LA PARTICIPACIÓN CIUDADANA
-Aguascalientes -Baja California -Chiapas -PGR -Puebla -San Luis Potosí -Veracruz
OBJETIVO: Promover la confianza de los habitantes en las instituciones públicas, particularmente en las de procuración de justicia. De igual forma tiene por objeto fomentar la participación ciudadana en la prevención y combate del delito.
FUNCIONES:
-Proponer políticas públicas integrales en materia de prevención y procuración de justicia.
-Fomentar a la ciudadanía su participación en el combate al delito.
-Impulsar las acciones necesarias para promover la cultura de la denuncia y la participación de la comunidad en las actividades de procuración de justicia.
-Prevenir conductas delictivas en las comunidades y espacios urbanos.
-Generar campañas de prevención de delitos de alto impacto y difusión de logros conjuntos entre los integrantes de la Conferencia, de manera regional y nacional, a fin de cambiar la percepción del ciudadano, abrir espacios de participación social y rescatar la confianza de la ciudadanía.
-Impulsar acciones de prevención en materia de farmacodependencia, y fomentar la colaboración entre instituciones públicas, asociaciones y organismos privados y sociales para brindar rehabilitación de personas adictas.
-Formular estrategias de coordinación en materia de protección de personas, atención a víctimas y ofendidos.
INVESTIGACIÓN CIENTÍFICA Y MINISTERIAL
-Aguascalientes -Campeche -Chihuahua -Guerrero *Guanajuato -PGR -Puebla -Sonora -Tlaxcala -Zacatecas -PROFEPA
OBJETIVO: Establecer mecanismos y procesos que permitan conocer sistemáticamente las características y patrones del fenómeno delictivo en México, y aseguren la disponibilidad de información confiable y oportuna.
FUNCIONES:
-Eficientar los sistemas y procedimientos, y simplificar los trámites y servicios administrativos para fortalecer la investigación ministerial.
-Emitir bases y reglas para la investigación de los delitos, de conformidad con los ordenamientos legales aplicables, así como para la realización de operativos de investigación conjuntos.
-Promover la homologación de criterios para la regulación e instrumentación de la cadena de custodia de los indicios, huellas o vestigios de hechos delictuosos y de los instrumentos, objetos o productos del delito.
-Proponer criterios para el funcionamiento de las bases de datos criminalísticos y de personal de las Instituciones de Procuración de Justicia.
-Establecer canales de comunicación y consenso entre las diferentes instancias de Procuración de Justicia, con el fin de desarrollar plataformas tecnológicas integrales.
-Impulsar el uso de tecnología e información para procesar las actuaciones ministeriales y aumentar la efectividad, estandarizando las plataformas tecnológicas, digitalizando los procesos, y asegurando la cobertura geográfica de la red de telecomunicaciones a nivel nacional.
-Unificar criterios de investigación científica en áreas específicas como preservación, embalaje y traslado de la evidencia, preservación de la escena del crimen, cadena de custodia, protocolo de autopsia, peritaje en balística y, en general, homologar la forma de investigación criminal.
-Estudiar y presentar ante la Asamblea Plenaria las propuestas para la integración del Programa Nacional de Procuración de Justicia y demás instrumentos programáticos.
COMBATE A LA CORRUPCIÓN E IMPUNIDAD
-Baja California Sur -Chiapas *Colima -Hidalgo -Michoacán -Nuevo León -PGR -Tabasco -Tlaxcala -Quintana Roo
OBJETIVO: Combatir las manifestaciones de impunidad y corrupción en la procuración de justicia a nivel nacional.
FUNCIONES:
-Consolidar una procuración de justicia honesta y transparente que permita reducir la impunidad y abatir la corrupción.
-Perfeccionar los mecanismos existentes y diseñar otros nuevos de control, supervisión y detección en los procesos de procuración de justicia.
-Conocer los trabajos y resultados alcanzados en las Reuniones Nacionales de Visitadurías y Órganos Homólogos.
-Coadyuvar para el cumplimiento de las obligaciones que en materia de corrupción y cohecho haya suscrito México con organismos internacionales.
COORDINACIÓN Y COOPERACIÓN NACIONAL E INTERNACIONAL
-Baja California *Hidalgo -Guanajuato -Morelos -Nayarit -Oaxaca -PGR -Quintana Roo -Sinaloa -Tamaulipas
OBJETIVO: Fortalecer la coordinación y cooperación entre los tres órdenes de gobierno, y los Poderes de la Unión para combatir la criminalidad. Asimismo, pretende fortalecer la cooperación internacional para contribuir a los esfuerzos de la Conferencia y el Sistema de Procuración de Justicia en México.
FUNCIONES:
-Fortalecer las relaciones Interinstitucionales con órganos homólogos de cualquier nación para consolidar acciones de trascendencia internacional.
-Reforzar la cooperación con entidades federativas para generar acciones coordinadas con visión nacional.
-Promover convenios con distintas instancias de los sectores público, privado y social.
-Promover mecanismos de coordinación, en materia de investigación de delitos, con las demás Conferencias Nacionales.
-Fijar criterios de cooperación y coordinación para la entrega de indiciados, procesados y sentenciados; el cumplimiento de mandamientos judiciales y ministeriales; el aseguramiento de bienes instrumento, objeto o producto de delitos, y el desahogo de diligencias judiciales, ministeriales y periciales.
-Establecer y fortalecer los sistemas de información donde participen los tres niveles de gobierno, con el apoyo de la sociedad, para combatir el fenómeno delictivo.
-Conocer los trabajos y resultados del Grupo de Planeación y Análisis Estratégico para el Combate al Delito de Secuestro.
-Proponer programas de cooperación internacional en materia de procuración de justicia.
-Establecer lineamientos para el desahogo de procedimientos de extradición y asistencia jurídica.
-Impulsar foros nacionales e internacionales en materia de procuración de justicia y colaboración interinstitucional en el combate a la delincuencia.
CERTEZA JURÍDICA Y RESPETO A LOS DERECHOS HUMANOS
-Chiapas -Durango -Estado de México -Guerrero -Jalisco -Morelos -PGR *Sonora -Tabasco -Veracruz
OBJETIVO: Promover la certeza jurídica y la aplicabilidad de la ley para toda la población, el acceso de todos los ciudadanos a un sistema de justicia eficaz, el respeto irrestricto a los derechos humanos así como su promoción y defensa.
FUNCIONES:
-Fomentar el respeto a los derechos humanos en la procuración de justicia, así como fortalecer el desarrollo de una cultura de la legalidad.
-Promover la uniformidad de criterios jurídicos.
-Promover la debida observancia a las garantías individuales e igualdad de género en el proceso penal.
-Impulsar la plena vigencia del Estado de Derecho.
-Sensibilizar a los diversos actores políticos y sociales sobre la necesidad de reformar la legislación vigente.
-Elaborar propuestas de reformas legislativas y ordenamientos administrativos en materia de Procuración de Justicia.
-Promover los principios del debido proceso, legalidad, honradez, lealtad e imparcialidad en las áreas ministerial, pericial y policial.
-Consolidar acciones de mejora en la atención y tratamiento a la víctima y ofendido en el proceso penal.
-Priorizar la atención de grupos vulnerables para prevenir la violación a sus derechos humanos.